遺伝子技術の発達によりミュウツー完成。後、ミュウツー暴走。
第一次ポケモン大戦勃発。ミュウツー率いる、クローンポケモンと、ミュウ率いる オリジナルポケモンによる壮絶な戦い。ミュウツー軍の敗北で幕を閉じる。
第一次ポケモン大戦の反省を受け、火星に入植を開始。火星にポケモン進化研究所 を設置。人工ポケモンの研究はすべて火星で行われることになる。
人工ポケモン技術を応用した、ポケモン兵器の研究が盛んになる。
火星の兵器会社マイクロゲット社が、マルマインを利用した核爆弾を完成させる。
マルマイン核ミサイルの特許を主張するマイクロゲット社と、マルマインの使用権 を主張するの地球側の対立。
マイクロゲット社ヒル・ケイツ氏「俺達人工ポケモンの研究者を火星に追いやったの は重力に魂を奪われた地球の連中じゃないか！ 何を今更その権利を主張するんだ！ 訴えてやる！」
ヒル・ケイツ暗殺。火星政府、地球政府に宣戦布告。第二次ポケモン大戦勃発。
オオキド博士は第二次ポケモン大戦中、ポケモン７３１部隊において、ドガース、 マタドガスなどを使った毒ガス実験や、ベトベター、ベトベトンなどを使った細菌兵 器に関する実験を行っていた。
プリンは第二次ポケモン大戦終結の英雄。
そして、サトシは旅に出る。
すべてのバッヂを手に入れた後も、修行の旅を続けるサトシ達。
サトシ「何だお前たちは！」
ムサシ「何だかんだと聞かれたら」
コジロー「答えてあげるが世の情け」
ムサシ「世界の破壊を防ぐため」
コジロー「世界の平和を守るため」
ムサシ「愛と真実の悪を貫く」
コジロー「ラブリーチャーミーな敵役」
サトシ「ピカチュウ、行っちゃって。」
ピカチュウ「ピカチュウ！」
ビリビリビリ。
ムサシ＆コジロー「やな感じぃ〜」
ズドン。
ムサシ「いててて。」
コジロー「あたたた。」
ニャース「はっ。これはこれはボス！」
ムサシ＆コジロー「え？ はっはー。」
ボス「久しぶりだな。もう、お前らに用はない。」
ムサシ＆コジロー「え？」
パーン、パーン。
ボス「お前らのような役立たず、最初からこうしておけばよかった。ニャース。」
震えが止まらないニャース。
ニャース「は、はい…。」
ボス「死ね。」
パーン。
ジョーイ「このままでは、第三次ポケモン大戦が引き起こされるわ…」
サトシ「ポケモンは、戦争の道具じゃない！」
サトシ「僕は駄目だ…、ポケモンマスターになんかなれやしない。助けて、助けてよ カスミ。」